В основную структуру университета входят три института, пять факультетов, два образовательных центра на правах факультетов, Высший колледж «Политехник», Йошкар-Олинский аграрный колледж и два филиала в городах Волжск (Республика Марий Эл) и Мариинский Посад (Республика Чувашия). У вуза – свой институт дополнительного профессионального образования, лингвистический центр ORBIS, подготовительные курсы, автошкола, центр охраны труда.